為因應影響國家安全且日趨複雜的傳統與非傳統安全議題，本院設置「國家安全研究所」，強化相關領域研究。期望透過與相關部會及國內外學界、智庫的互動交流與對話，研提研究成果與建議，提供政府公部門與民間參考。本所研究領域涵蓋國家安全戰略、內外部安全環境、區域安全、戰爭法與國際法、非傳統安全威脅、非戰爭軍事行動、災害防救、動員與緊急應變、國際人道救援等。
| 成員 | 職稱 | 分機 | 最高學歷 | 研究領域 |
| 李哲全 | 副研究員兼所長 | 351 | 美國南卡羅萊納大學國際關係博士 | 美中台關係、兩岸關係、中國對外政策 |
| 李俊毅 | 副研究員 | 761 | 英國東英格蘭大學國際關係博士 | 非傳統安全理論、混合威脅、歐洲小國安全與外交政策 |
| 王尊彥 | 助理研究員 | 766 | 日本東京外國語大學國際關係博士 | 日本防衛與安全政策、日本對外關係 |
| 劉蕭翔 | 副研究員 | 762 | 國立政治大學外交學系國際關係學博士 | 安全研究，俄羅斯暨歐亞區域研究， 中亞、北冰洋地緣政治與中國，中國「一帶一路」與中國國防動員 |
| 陳鴻鈞 | 助理研究員 | 352 | 東吳大學政治學博士 | 美中高層對話、中共國安委 |
| 鍾志東 | 博士後研究 | 356 | 英國倫敦政治經濟學院國際關係博士 | 台灣國家安全戰略、美國印太戰略、美中台三角關係、安全戰略理論研究、歐洲研究 |
| 蔡榮峰 | 政策分析員 | 354 | 澳洲國家大學外交碩士/戰略研究碩士 | 澳洲與歐洲國防產業、南太平洋區域研究、太空產業 |