本院前身係2010年3月1日成立之「國防智庫籌備處」，負責籌設業務及發行專業期刊，以培養國防研究及二軌交流先期能量。
2016年12月經提報總統並獲指示加速籌設，國防部將智庫正式定名「國防安全研究院」，同時展開組織規劃、研修配套規定、修繕及國會溝通等工作；2018年5月1日舉行揭牌典禮及開始運作。
本院設立宗旨為增進國防安全研究與分析，提供專業政策資訊與諮詢，拓展國防事務交流與合作，促進國際戰略溝通與對話。現設有「國家安全研究所」、「中共政軍與作戰概念研究所」、「網路安全與決策推演研究所」、「國防戰略與資源研究所」等4個研究所。
董事會由7至15位組成，首任董事長為前國防部長馮世寬先生，第一、二任執行長為前陸委會特任副主委林正義博士、前國安會諮詢委員林成蔚博士擔任。現任董事長為霍守業將軍（總統府戰略顧問）、執行長為陳明祺博士（前國安會諮詢委員）。
